En annen forskjell mellom ulike QR-koder kan være i fargebruken. Mens standard QR-koder er vanligvis svart på hvit bakgrunn, kan noen QR-koder være fargerike, med ulike farger som brukes til å representere dataene i koden.
Så, i hovedsak er den grafiske forskjellen mellom ulike QR-koder størrelsen, oppløsningen, mønsterstrukturen, og fargebruken.